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Le premier temps consiste à faire l'anamnèse du patient (demande précise du patient, bilan santé, antécédents traumatiques/émotionnels).
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Ensuite, la séance débute par une écoute crânienne. Le somatopathe utilise la relation crânio-sacrée, mise en évidence par Maurice Raymond Poyet , ainsi que  la correspondance "crâne-pied" mis en évidence par Pierre-Camille Vernet, fondateur de la somatopathie. Ces deux techniques permettent d'effectuer les corrections nécessaires pour rééquilibrer le schéma corporel. 

La demande du patient oriente la séance. Au fil de celle-ci, des "mots" peuvent être posés par le thérapeute qui, par l'écoute et l'empathie, accompagne le patient dans sa prise de conscience.
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Après la séance, peuvent surgir des douleurs articulaires, une grosse fatigue physique et/ou émotionnelle. Il s'agit du contre-coup de la séance. Cela peut durer quelques jours. Le corps a besoin de temps pour retrouver toute son énergie. 

Une séance de somatopathie dure environ 1h.